Numerosas instituciones gubernamentales participan en la ejecución y puesta en marcha de las misiones, de manera que la multiplicidad de actores y seguramente de funciones intervienen en los programas sociales y pueden desencadenar en una gestión con opacidad de información, discrecionalidad y corrupción en el manejo de recursos económicos.

En el antiguo Programa de Alimentación Escolar (PAE) intervienen el Viceministro de participación y apoyo académico del MPPE, Corporación Nacional de Alimentación Escolar CNAE, S.A., Dirección de finanzas del MPPE, Dirección general de auditoría interna del MPPE, zonas educativas, consejos educativos, Tesorería Nacional, Banco Central de Venezuela, Corpoelec, Hidroven, Pdvsa Gas, Mercal y Pdval, Proveedores de modalidad plato servido, Instituto Nacional de Nutrición, FEDE y Consejos Comunales.

La misión Barrio Adentro: Asamblea Nacional, Contraloría General de la República, Consejo Nacional Electoral, los Ministerios del Poder Popular para Relaciones Exteriores, Ambiente, Agricultura y Tierras, Despacho de la Presidencia, Alimentación, Turismo, Planificación, Pueblos Indígenas, Finanzas y Comercio, Consejo Federal de Gobierno, Fundación Misión Barrio Adentro, Misión Médica Cubana, Gobernaciones de estado, Alcaldías, Psuv, Fonden, Empresa Consalud e Ipasme.

Gran Misión A Toda Vida Venezuela: Ministerio del Poder Popular para la Mujer e Igualdad de Género e Instituto Nacional de Estadística.

Misión Hijos de Venezuela: Presidencia del Tribunal Supremo de Justicia, Fiscalía General de la República, Defensoría Pública General, Defensoría del Pueblo, Ministerio del Poder Popular para la Mujer e Igualdad de Género, Ciencia, Tecnología e Innovación e Industria y Universidad Nacional Experimental de Seguridad.

Gran Misión Vivienda Venezuela: Presidente de la Gran Misión Barrio Nuevo Barrio Tricolor, Ministerio del Poder Popular para las Industrias Intermedias y Transformación Revolucionaria, Gobierno del Distrito Capital, Alcaldía del Municipio Bolivariano Libertador, Corpomiranda y Gobernación del Estado Vargas.